NVRAM WakeUp afirma fazê-lo; Eu nunca tentei. Pode não funcionar em todos os BIOSes e, se falhar, uma consequência provável é sobrescrever uma configuração crítica diferente que poderia tornar seu computador não inicializável, portanto, use com cuidado.
Se você suspender apenas o computador, as ferramentas de APM podem definir um horário de ativação com apmsleep . Eu usei com sucesso meu laptop como um despertador com essa ferramenta. Mas não pode acordar um computador desligado.
Se o seu computador suporta ACPI (todas as modernas), e se a ACPI realmente funciona no seu sistema operacional (que, por outro lado, não é dado), existe uma interface padrão para especificar um tempo de ativação. No Linux, date -u +%s -d 'tomorrow 6:00' >/sys/class/rtc/rtc0/wakealarm deve fazer o truque. Há um bom guia sobre ativação da ACPI no wiki da MythTV.
Se você tiver outro dispositivo ligado à rede local, envie para o seu computador uma wake-on-LAN pacote. A maioria dos BIOS modernos suporta isso (talvez seja necessário ativá-lo nas configurações do BIOS). O utilitário wakeonlan pode enviar esses pacotes.