Acredito que @derobert (que comentou a questão original) esteja correto. No caso do fdisking de uma partição que está sendo usada atualmente, parece que não há outra opção a não ser reinicializar.
Mesmo quando uso partprobe
(obtido com apt-get install parted
), recebo a seguinte saída:
Error: Partition(s) 2, 3 on /dev/mmcblk0 have been written, but we have
been unable to inform the kernel of the change, probably because it/they
are in use. As a result, the old partition(s) will remain in use. You
should reboot now before making further changes.