Qual parte do seu site é sensível?
Se forem apenas os dados nos arquivos, substituir o arquivo pelos dados de /dev/zero ou /dev/random usando uma ferramenta interna, como dd , deve ser suficiente, assumindo que o sistema de arquivos não alocar novo armazenamento ao sobrescrever um arquivo.
Se a estrutura de diretório em si é sensível (nomes de arquivos, por exemplo), você precisará de uma solução mais completa. Eu estou em uma perda aqui, mas você provavelmente precisará (post-overwrite) excluir todos os arquivos em cada diretório, em seguida, criar um monte de arquivos no mesmo diretório usando touch e excluí-los antes de excluir o diretório pai , usando um algoritmo de profundidade primeiro. Eu sei que algo pode ser feito usando find e tal, mas eu não sei de uma ferramenta pronta para usar que faz isso.
No seu caso, destruir os arquivos (sobrescrevendo o arquivo repetidamente com dados aleatórios) é um exagero, porque ninguém tentará recuperar seus dados removendo a unidade física e tentando capturar dados de ponta. Não tenho certeza se a técnica de recuperação funciona mais com as modernas unidades de alta densidade; Sobrescrever dados com zeros pode ser mais que suficiente.