Consegui reproduzir o problema novamente e foi resultado de um grande cache de disco. Meus caches de disco podem crescer mais de 8GB e parece que alguns aplicativos não gostam disso e a E / S sofre.
Eliminar caches de disco com echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches
como root remedia o problema. Atualmente, não sei por que grandes caches de disco causam essa degradação de E / S.
Última atualização: Após mais investigação, descobri que o número de arquivos no cache estava provocando o problema. Ele estava destruindo os discos enquanto tentava enviar muitos arquivos pequenos de volta para o disco. Desde que eu estava usando o sistema por dez anos, eu tomei a iniciativa e reinstalei com o Debian de 64 bits. Agora está funcionando sem problemas. Provavelmente foi um efeito colateral de dez anos de atualização com a descoberta de limites do sistema operacional de 32 bits.