Acabei de encontrar o problema. O atributo "imutável" foi definido nesse arquivo. ls
não mostra isso. Você precisa de um comando diferente para ver:
# lsattr apache.pem*
----i--------- apache.pem
-------------- apache.pem.2017-02-04
-------------- apache.pem.orig
Depois de remover o bit imutável, posso editar esse arquivo:
# chattr -i apache.pem
# touch apache.pem