Este artigo explica muito bem como fazer isso: link
Eu escrevi um pequeno artigo sobre isso em meu blog: link link
Basicamente, o que você quer fazer é criar uma máscara e aplicar a máscara à imagem. Você pode fazer isso em duas etapas:
$ convert image.png -colorspace HSB -separate -negate image_mask.png
$ convert image.png -alpha Off \
> image_mask.png -compose CopyOpacity -composite \
> PNG32:image_alpha.png
Isso tornará branco a cor transparente. Para tornar a cor da transparência preta, remova o sinalizador -negate
.