shntool no Ubuntu 14.04
sudo add-apt-repository -y ppa:flacon
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y flacon
shntool split -f *.cue -o flac -t '%n - %p - %t' *.ape
flacon é uma GUI para shntool , mas vem com todos os codecs de que precisa ...
Em particular, o flacon PPA fornece o pacote mac (Monkey's Audio Console) , em que flacon depende, que possui a ferramenta mac CLI, que parece ser o principal ingrediente ausente.