Para MP3, tente eyeD3 , encontrado em isto assim resposta.
--add-image=IMG_PATH:TYPE[:DESCRIPTION]
Add an image to the tag. The description and type
optional, but when used, both ':' delimiters must be
present. The type MUST be an string that corresponds
to one given with --list-image-types. If the IMG_PATH
value is empty the APIC frame with TYPE is removed.
Para o Ogg, há vorbiscomment . Ele não suporta o carregamento de arquivos de imagem fora da caixa, mas uma tag de capa no Vorbis é apenas um arquivo de imagem codificado em base64, armazenado na tag COVERART e seu tipo mime em COVERARTMIME - algo como
coverart=$(base64 $jpegfile)
vorbiscomment -a -t 'COVERART=$coverart' -t 'COVERARTMIME=image/jpeg' $infile $outfile