Isso porque a sintaxe que você está usando depende de um recurso bash específico que não é ativado por padrão para shells não-interativos (scripts). Você pode ativá-lo adicionando o comando relevante ao seu script:
## Enable extended globbing features
shopt -s extglob
if [ -d "folder" ]; then
cp -r folder/!(exclude-me) ./
rm -rf folder
fi
Esta é a seção relevante de man bash
:
If the extglob shell option is enabled using the shopt builtin, several
extended pattern matching operators are recognized. In the following
description, a pattern-list is a list of one or more patterns separated
by a |. Composite patterns may be formed using one or more of the fol‐
lowing sub-patterns:
?(pattern-list)
Matches zero or one occurrence of the given patterns
*(pattern-list)
Matches zero or more occurrences of the given patterns
+(pattern-list)
Matches one or more occurrences of the given patterns
@(pattern-list)
Matches one of the given patterns
!(pattern-list)
Matches anything except one of the given patterns