#!/bin/bash
shopt -s dotglob
for file in "$1"/*; do [[ -f "$file" ]] && d1+=( "$(md5sum < "$file")" ); done
for file in "$2"/*; do [[ -f "$file" ]] && d2+=( "$(md5sum < "$file")" ); done
[[ "$(sort <<< "${d1[*]}")" == "$(sort <<< "${d2[*]}")" ]] && echo "Same" || echo "Different"
Você pode ver isso em ação aqui:
$ mkdir 1 2
$ ./comparedirs 1 2
Same
$ cat > 1/1 <<< foo
$ cat > 2/1 <<< foo
$ ./comparedirs 1 2
Same
$ cat > 2/1 <<< bar
$ ./comparedirs 1 2
Different