Como discutido aqui , verifica-se que o Crashplan é o mais provável culpado. Ele usa muitos relógios inotify e, eventualmente, come tudo.
A correção imediata é executar:
sudo -i
echo 1048576 > /proc/sys/fs/inotify/max_user_watches
exit
Para disponibilizar mais relógios.
A correção a longo prazo é editar o arquivo /etc/sysctl.conf
para incluir a linha:
fs.inotify.max_user_watches=1048576
Editar : Já se passaram alguns dias e o problema não surgiu desde que realizei o procedimento acima.