Você deve usar systemd-escape
que foi criado explicitamente para isso:
systemd-escape -p --suffix=automount /media/backup
-p
especifica que você está escapando de um caminho e lida com /
, .
e ..
adequadamente. Caracteres especiais são tratados corretamente também. Assim seu comando se tornaria
systemctl stop "$(systemd-escape -p --suffix=automount /media/backup)"
As regras de escape estão descritas na systemd.unit
página de manual