Você deve usar systemd-escape que foi criado explicitamente para isso:
systemd-escape -p --suffix=automount /media/backup
-p especifica que você está escapando de um caminho e lida com / , . e .. adequadamente. Caracteres especiais são tratados corretamente também. Assim seu comando se tornaria
systemctl stop "$(systemd-escape -p --suffix=automount /media/backup)"
As regras de escape estão descritas na systemd.unit página de manual