Sempre que tenho um bom sistema de referência e um mau comportamento, tento compará-los com o vimdiff. O que eu comparo varia com o problema, por exemplo,
1) Ao comparar servidores no nível do pacote, eu crio listas ordenadas de pacotes em cada servidor, envio os resultados aos arquivos e os difiro, por exemplo
no servidor1:
dpkg --get-selections|sort > server1_packages
No servidor2:
dpkg --get-selections|sort > server2_packages
Copie os dois arquivos para a mesma máquina e diferencie-os (ou vimdiff).
2) Faça uma lista de serviços em execução como no exemplo 1
sysv-rc-conf --list|sort > server1_services
sysv-rc-conf --list|sort > server2_services
... etc, e vimdiff esses.
3) Se você estiver solucionando configurações inconsistentes com o Apache, por exemplo, faça cópias dos arquivos de configuração, e vimdiff, etc.