Você pode adicionar uma declaração continue
como esta:
cd /var/www
for dir in */
do
if [ "$dir" == "foo" ] ; then
continue;
fi
base=$(basename "$dir")
tar -czfh "${base}.tar.gz" "$dir"
done
Ou você pode fazer isso com o comando find
:
find /var/www -maxdepth 1 -type d \( -name foo \) -prune -o -print -exec bash -c "tar -czfh \'basename {}\'.tar.gz {}" \;