Eu recomendaria usar /etc/cron.d over crontab .
Você pode colocar arquivos em /etc/cron.d que se comportam como entradas crontab. Embora o formato seja um pouco diferente.
Por exemplo, /etc/cron.d/pcap :
*/05 * * * * root bash /mnt/md0/capture/delete_old_pcap.sh
*/12 * * * * root bash /mnt/md0/capture/merge_pcap.sh
A diferença no formato é adicionar o usuário para executar o trabalho como após a especificação da hora.
Agora você pode simplesmente verificar se o arquivo existe e, se você sobrescrever, não importa.
Note que é possível que seu daemon do cron não tenha /etc/cron.d . Eu não sei quais daemons do cron têm, mas o vixie cron é o daemon do cron padrão no linux, e ele faz.