Somente se você… selecionar uma das opções de exclusão. Veja man rsync
para mais informações, mas aqui está um trecho:
--delete delete extraneous files from dest dirs
--delete-before receiver deletes before xfer, not during
--delete-during receiver deletes during the transfer
--delete-delay find deletions during, delete after
--delete-after receiver deletes after transfer, not during
--delete-excluded also delete excluded files from dest dirs
Há informações mais detalhadas sobre essas opções mais abaixo na página man
.