Use aspas:
echo "$output" > $fn
a linha de eco é analisada pelo shell (após a expansão da variável) e todos os espaços entre os parâmetros são reduzidos a um espaço simples. Como exemplo:
$ var1="toto
> titi
> tutu
> "
$ echo $var1
toto titi tutu
$ echo "$var1"
toto
titi
tutu