Bem, você pode usar eval da seguinte maneira:
c=0
for file in $( ls ); do
eval "var$c=$file";
c=$((c+1));
done
Este código irá criar variáveis chamadas var0, var1, var2, ... com cada uma segurando o nome do arquivo. Eu suponho que você terá um bom motivo para fazer isso usando uma matriz ...