Não deve haver necessidade de re-executar o 'juju bootstrap' para que seus nós funcionem. A fase de bootstrap é necessária apenas para iniciar o ambiente de juju.
Você disse que reiniciou o segundo nó e acho que é a chave: você configurou os parâmetros de energia de seus nós (eu suponho que você execute a versão quantal do MAAS)? Se você não puder fazer isso, uma vez que você implantar um charme manualmente e você vir o nó somente no qual o charme será distribuído 'alocado' na interface do MAAS, você precisará ligar os nós para que o Ubuntu possa ser instalado na máquina e o charme instalado (isso pode demorar um pouco dependendo do hardware que você tem). O que estou dizendo é que, se o seu nó usar o IPMI ou qualquer outro tipo de mecanismo de energia suportado e você tiver configurado as credenciais, o MAAS ligará os nós, mas se você não puder fazer isso, precisará fazer isso. manualmente.
Se isso não resolver o seu problema, sugiro executar o 'juju-debug-log' para ver por que o encanto não pode ser implantado.