No final, usei o arquivo upstart /etc/init/mongodb.conf e funcionou bem.
Estou usando a opção @reboot como um cron de root para atualizar o MongoDB quando fizermos uma reinicialização de uma instância do EC2.
O problema que tenho é que o MongoDB não é carregado no momento em que o cron executa o script.
Onde é o melhor lugar para executar uma postagem do MongoDB na inicialização do servidor?
No final, usei o arquivo upstart /etc/init/mongodb.conf e funcionou bem.