Se você instalou cafeína como fleamour sugerido, ele fará isso automaticamente depois de configurado. Isso é feito abrindo as Preferências de Extensão do Shell do Gnome ([Alt + F2] gnome-shell-extension-prefs [Enter]) e selecionando Cafeína no menu suspenso.
Você verá uma opção na qual poderá optar por não exibir um ícone no painel superior e, abaixo dela, uma lista vazia. Pressione "Add Application" e adicione MAME a essa lista. Ele será ativado quando você iniciar o MAME e desativado quando você sair do programa.
PS: Você também pode ir para extensions.gnome.org em um navegador, e obter cafeína e muitas outras extensões lá. (Direto para a cafeína: link )