Eu tenho o mesmo problema aqui e posso confirmar que o ícone do Pidgin sempre desaparece depois de usar o Alt-Tab no modo de tela cheia.
Informação da versão:
- Ubuntu 13.04
- Pidgin 2.10.7
- Gnome 3.6.2
Mas não consigo ativá-lo novamente alternando a propriedade 'Mostrar ícone na bandeja' no Pidgin para qualquer outro modo e, em seguida, voltando para 'Sempre'.
Além disso, não posso confirmar se o ícone ficará visível atrás do painel quando a opacidade é reduzida. (A propósito, a configuração Opacity foi movida da guia "Experimental" para "General" no Plug-in do Ubuntu Unity.)
Ele só aparece novamente com o comando "gnome --replace" ou depois de fazer logoff e ligar.
A ajuda sobre este tópico ainda é apreciada!