Se você estiver usando o IMAP para o armazenamento de mensagens, por que não usar a capacidade do Mutt para sinalizar mensagens como excluídas? Você pode ocultar as mensagens sinalizadas como excluídas no Mutt, mas ainda assim podem procurá-las mais tarde. A maioria dos servidores IMAP bem instalados será configurada para eliminar automaticamente as mensagens "excluídas" dentro de x quantidade de dias, portanto não é necessário gerenciar as mensagens excluídas. Eu acho que há também um comando Mutt para limpar quaisquer mensagens "excluídas" dentro da caixa de correio atual.