Posicionamento de opções é importante. -follow_mouse
é uma opção de entrada, mas você está tentando aplicá-lo à saída, então ffmpeg irá ignorá-lo. Experimente:
ffmpeg -f alsa -i pulse -f x11grab -show_region 1 -follow_mouse 100 -r 10 \
-s 960x540 -i :0.0+10,200 -acodec pcm_s16le -qscale 0 screencast.avi