Você pode usar xinput
.
>xinput --list
⎡ Virtual core pointer id=2 [master pointer (3)]
⎜ ↳ Virtual core XTEST pointer id=4 [slave pointer (2)]
⎜ ↳ Mouse0 id=6 [slave pointer (2)]
⎣ Virtual core keyboard id=3 [master keyboard (2)]
↳ Virtual core XTEST keyboard id=5 [slave keyboard (3)]
↳ Keyboard0
Lá você obtém o nome do mouse neste caso Mouse0.
Com o seguinte comando, você diminui a velocidade do mouse em um fator de 100000, que é basicamente zero.
xinput --set-prop 6 'Device Accel Constant Deceleration' 100000
ou
xinput --set-prop Mouse0 'Device Accel Constant Deceleration' 100000
Para reverter, você pode usar o mesmo
xinput --set-prop Mouse0 'Device Accel Constant Deceleration' 1