Se você está executando o GNOME Do, então existem duas opções.
Aplicativos de inicialização
Você pode abrir aplicativos de inicialização executando gnome-session-properties .
A partir daqui, você pode desativar o Gnome-Do.
Preferências do GNOME Do
A outra opção é desabilitar a execução do Gnome-Do na inicialização a partir das preferências do GNOME Do.
Certifique-se de que a caixa de seleção que diz "Iniciar o GNOME faça no login". está desmarcada.