Definitivamente, nada está quebrado. Quando um pacote é instalado, muitas vezes há outros pacotes dos quais ele depende. Estes serão automaticamente instalados por apt-get . Costumava ser que você seria forçado a usar um programa separado se quisesse rastrear esses pacotes e removê-los se algum dia remover o programa original que você instalou.
Agora, apt implementa um sinalizador de estado Auto-Installed para acompanhar esses pacotes que nunca foram instalados explicitamente. Quando você desinstala um pacote, você pode adicionar a opção --auto-remove para remover adicionalmente qualquer pacote que tenha seu Auto-Installed flag set e não tenha mais nenhum pacote que dependa dele (um pacote também pode ser mantido se outro sugerir ou recomendar dependendo do valor das opções de configuração APT::AutoRemove::RecommendsImportant e APT::AutoRemove::SuggestsImportant ).
Eu teria um olhar para a lista de pacotes e decidir se vale a pena mantê-los, às vezes os pacotes que você pode querer manter são marcados com Auto-Installed por padrão. Você pode obter informações sobre o que os vários pacotes fazem fazendo apt-cache show package_name . Se você decidir manter alguns, use apt-mark manual seguido dos nomes dos pacotes que deseja manter.
Note que normalmente você desejaria ter pacotes de biblioteca (a maioria dos pacotes começando com lib ) marcados como Auto-Installed , já que há poucos motivos para ter esses pacotes instalados - outros programas geralmente requerem outras bibliotecas para executar, mas eles são pouco úteis sozinhos. Mesmo se você estiver compilando software contra a biblioteca para precisar do pacote de desenvolvimento (terminando em -dev ) que depende da própria biblioteca, não é necessário instalar explicitamente a biblioteca.
Usando também aptitude , você pode fazer aptitude unmarkauto na linha de comando ou alterar dentro da interface de curses. Dentro das listas de pacotes na interface, todos os pacotes instalados automaticamente têm um A ao lado deles. Você pode alterar esse estado usando m para marcar um pacote instalado automaticamente como manual e M para marcar como manual novamente (também l para abrir um diálogo de pesquisa e Enter para exibir detalhes do pacote).