Existem comandos semelhantes ao clique duplo: see e open . Eles podem não estar em todas as distro, mas eles estão lá no meu servidor Ubuntu 12.04.
Seria bom ressaltar que as extensões são realmente arbitrárias. Existem tantas extensões esotéricas por aí; nenhum programa, incluindo o "clique duplo", pode saber como interpretar todos os arquivos lá fora.
E se você conhece o conteúdo do arquivo e o programa certo para executá-lo, você deve ser capaz de executar / usar o arquivo independentemente de sua extensão.
xdg-open é outro, embora eu ache que ele é tipicamente distribuído com distribuições de GUI, já que não o vejo na minha instância do AWS Ubuntu, nem no meu servidor Ubuntu de desenvolvimento.