Após pesquisar mais e encontrar um few outros sources , eu acho que é seguro dizer que gksu é nada mais que um wrapper em torno de sudo na maioria dos casos. Esta fonte afirma que, como gksu exibe uma caixa de diálogo de senha, ela é usada para aplicativos gráficos (como já sabemos) porque pode ser usado fora de um emulador de terminal. Caso contrário, a execução de sudo <cmd> de um ativador não funcionaria porque o usuário não receberia uma senha.