Não, não haverá fragmentação no sistema de arquivos original por causa do instantâneo.
Instantâneos basicamente trabalhe assim :
- você inicia seu snapshot dando a ele algum espaço em disco para acompanhar as alterações,
- um bloco no seu volume original é modificado,
- antes que o novo bloco seja realmente gravado no volume original, o conteúdo do bloco (antigo) é copiado na área de instantâneo,
- sempre que você acessa seu dispositivo de instantâneo, os mapas do LVM bloqueiam o acesso ao volume original ou à área do instantâneo, dando a sensação de que o volume do instantâneo está "congelado".
Em nenhum lugar desse processo o volume original se comporta de maneira diferente por causa do instantâneo . Apenas ignora todo o instantâneo.
(Você notará que esse comportamento de "evitar a fragmentação" tem um custo de desempenho quando escreve no sistema de arquivos original).