Se você não se importa em usar vinho, minha recomendação seria usar o PDF-Xchange com vinho, eu encontrei o PDF-Xchange, a versão portátil, para ser a melhor solução baseada em vinho, você pode usá-lo para anotar, atualizar pdf Metadados, medir página, preencher e salvar formulários, e mais algumas coisas, não haverá marcas d'água em pdfs salvos, sua renderização de documentos em PDF é incrivelmente rápida, coloca o Adobe Acrobat Reader rodando em qualquer plataforma para envergonhar mesmo quando é rodando sob o vinho, eu anotei e atualizei os metadados de centenas de documentos com esta ferramenta e não tenho problemas com a corrupção do PDF, na verdade ele oferecerá para corrigir tabelas xref em documentos corrompidos pelo pdfmod ou outro software pdf, está disponível aqui: link , funciona maravilhosamente sob o vinho. Eu queria que um produto gratuito como este estivesse disponível nativamente para o Linux.
Existe um sistema comercial baseado em Java chamado, PDF Studio disponível aqui: link
As reclamações de fazer muito, semelhante ao Adobe Acrobat Professional, são executadas nativamente no Linux, eu não sei como é bom, acho que elas oferecem uma cópia de avaliação gratuita, por isso, se você não se importa com aplicativos comerciais, você pode verificá-la.