Como posso ver no comentário em fontes em: vendor/src/github.com/opencontainers/runc/libcontainer/factory_linux.go
// Cgroupfs is an options func to configure a LinuxFactory to return
// containers that use the native cgroups filesystem implementation to
// create and manage cgroups.
cgroupfs parece ser uma implementação própria da janela de encaixe ( libcontainer ) que configura os contêineres cgroups gravando diretamente em arquivos em cgroups-file-system (por exemplo, montado em /sys/fs/cgroup/ ).