Você pode convertê-lo em binário , inverta os bytes , opcionalmente remova as novas linhas finais rev
< 2.24 e converta de volta:
$ xxd -revert -plain <<< 030201 | LC_ALL=C rev | tr -d '\n' | xxd -plain
010203
Usando
$ bash --version | head -n1
GNU bash, version 4.3.42(1)-release (x86_64-redhat-linux-gnu)
$ xxd -version
xxd V1.10 27oct98 by Juergen Weigert
$ rev --version
rev from util-linux 2.28.2
Isso não funciona se a string contiver o byte NUL, porque rev
truncará a saída nesse ponto.