wget --content-disposition 'https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE48191&format=file'
O arquivo que você está baixando é um tar archive (um arquivo binário), fornecido por um link dinâmico de um servidor da web. wget normalmente salvaria o arquivo usando parte do URL que você está usando, mas nesse caso é apenas um ponto de extremidade da API REST (ou algo semelhante), portanto, o nome seria hostil para trabalhar (ele ainda seria válido nome e o conteúdo do arquivo seria o mesmo).
No entanto, neste caso, o servidor fornece um cabeçalho "Content Disposition" contendo o nome real do arquivo, que wget é capaz de usar se você usar a opção --content-disposition . Esta opção está marcada como "experimental" no meu manual para wget .
Você também precisa citar o URL para que o shell não interprete os caracteres & e ? nele.
O equivalente usando curl :
curl -J -O 'https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE48191&format=file'
Ou usando as opções longas equivalentes:
curl --remote-header-name --remote-name 'https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE48191&format=file'
Depois de fazer o download do arquivo, você precisa descompactá-lo:
tar -xvf GSE48191_RAW.tar
Devido à maneira como esse arquivo específico foi criado, ele irá descompactar os arquivos do arquivo no diretório atual (assim, criar um novo diretório, mover o arquivo e descompactá-lo pode ser uma boa idéia). Os arquivos neste arquivo são gzip -compressed CEL files.