Não há competição entre aplicativos de keybindings. O seu servidor X detecta algo (na maioria dos casos, o seu Desktop) e as reações em uma tecla (como pressionar a tecla aumentar volume) ou a chave é passada para o aplicativo atual (ou seja, aquele que tem foco). Isso é diferente do que eu me lembro do Windows, onde você poderia ter teclas de atalho que foram para aplicativos que não tinham foco.
Assim, você não precisa saber qual Alt + algumachave já está sendo usado por algum outro aplicativo, você só precisa saber se sua área de trabalho já a pega e faz algo com isso.
Se um aplicativo precisar saber sobre um evento de teclado, por exemplo, pressionando a tecla Avançar em um Mediakey, o Desktop deve capturar esse evento e notificar o aplicativo.