Supondo que um m3u exportado do banshee e seu Android montado, você pode fazer algo como:
rsync -avu --files-from=yourlist.m3u <MUSIC_DIR> /media/ANDROID/<ANDROID_MUSIC_DIR>
Por exemplo:
rsync -avu --files-from=yourlist.m3u "/home/user/Music" "/media/ANDROID/MUSIC"
Você também pode adicionar --delete
rsync -avu --delete --files-from=yourlist.m3u "/home/user/Music" "/media/ANDROID/MUSIC"
Eu testei com um m3u simples e trabalhei, mas pode precisar de alguns ajustes para um complexo.