Eu falo por experiência apenas com o deb / dpkg, mas não, desde que o Checkinstall tenha sucesso na construção de um deb / rpm, não há efeitos colaterais da instalação (há cenários em que ele não construirá um pacote) .
Naturalmente, o checkinstall realmente não conhece as dependências, portanto, você precisará disponibilizá-las se estiver planejando instalar o pacote em qualquer lugar. Caso contrário, a funcionalidade de desinstalação funciona exatamente como pretendido.
Se não funcionar e você está desconfiado de algum pacote, um chroot é uma maneira (relativamente) rápida e indolor de experimentá-lo; uma máquina virtual é ainda melhor, mas requer mais tempo e recursos de configuração, a menos que você tenha uma que duplique seu sistema.