Você precisa usar o lomoco para fazer alterações permanentes (como os botões de parada 11 e 12 do envio de eventos de roda de rolagem.) Você pode ter que executar o lomoco na inicialização para manter as alterações. Eu fiz isso com o meu MX1000.
Você pode usar o xmodmap para remapear os botões, se quiser que os botões 6 e 7 sejam atribuídos (que normalmente são tratados como rolagem horizontal em X.)