Antes de tudo, execute top em seu terminal, processo que usa sua CPU:
top
Verifique o PID e tente depurar o processo por strace:
sudo apt-get install strace
sudo strace -fp PID
Então você verá o que está fazendo exatamente.
EDIT: Eu tenho sido capaz de determinar que o problema não é compiz, mas é realmente Xorg. Eu não sei porque, mas maximizando rapidamente o terminal e tirando uma screenshot com o top running antes que o problema desaparecesse, eu sou capaz de ver que o xorg ocupa 72% do cpu, com o bamfdaemon 18%, e compiz 14% . Parece que os drivers nvidia são os culpados, vai jogar mais com as configurações e talvez faça uma instalação nvidia-current limpa para tentar consertar o problema.
Tendo um problema muito chato com o alto uso da CPU. Executando 12.04 com drivers mais recentes e nvidia-current instalado. Não tive nenhum problema por dias, agora eu tenho um problema estranho.
O Unity 3d é executado na maior parte do tempo, com 1-2% do uso da CPU, com apenas a transmissão sendo executada em segundo plano. Janelas abrem e fecham suavemente.
No entanto, não importa quais programas estejam abertos, se eu minimizar todos os programas abertos para a barra de unidades à esquerda, meu processador salta para cerca de 80% e reduz a velocidade, maximizando e maximizando os efeitos. O movimento do mouse permanece suave o tempo todo, mas a unidade deixa de responder por até 30 segundos às vezes. Pressionar o botão Alt + Tab para exibir uma única janela corrige o problema. A janela que eu levo de volta nem precisa ser maximizada para resolver o problema. Atingir o super botão para abrir o painel faz com que a CPU volte a ficar inativa até que eu a feche, então o uso da alta CPU continua.
Acredite que o problema é compiz, mas mesmo tendo apenas terminal rodando "top", eu tenho que minimizá-lo na bandeja para o problema mostrar, então não consigo ver o processo do problema. Eu só posso dizer sobre o alto uso da CPU usando o indicador-sysmonitor. Mesmo tentei sair do indicador, mas ainda posso dizer um desempenho muito ruim com todos os aplicativos quando minimizado.
Redefinir compiz de volta para os padrões, tentei ir para a atualização pós-lançamento drivers nvidia, jogado com configurações vsync nas configurações nvidia e compiz. Mesmo taxa de atualização forçada, mas não pode resolver o problema. O problema NÃO ocorre no Unity 2D.
As especificações são core 2 duo 2.0ghz, ram de 4GB ddr2, 2x 320d HDD em RAID 0 e placa de vídeo Nvidia GTX 260M.
Antes de tudo, execute top em seu terminal, processo que usa sua CPU:
top
Verifique o PID e tente depurar o processo por strace:
sudo apt-get install strace
sudo strace -fp PID
Então você verá o que está fazendo exatamente.