Uma maneira de conseguir isso é modificando o arquivo .bashrc .
Basta colocar o seguinte no final do arquivo .bashrc .
PS1="\n$PS1"
Para explicar como isso funciona, PS1 é a variável que contém o que deve ser exibido como o prompt. Tudo isso está dizendo "set PS1 para o conteúdo anterior de PS1 , com um caractere de nova linha prefixado". Colocá-lo em .bashrc na maioria das distros apenas faz com que o bash o execute toda vez que você abrir um shell interativo (mas não um shell de login - veja Diferença entre o Login Shell e o Non-Login Shell? ).