O ISO 9660 é, por design, um sistema de arquivos somente leitura. Isso significa que todos os dados devem ser escritos de uma só vez para o meio. Uma vez escrita, não há previsão para alterar o conteúdo armazenado. Portanto, o ISO 9660 não é adequado para ser usado em mídia gravável aleatoriamente, como discos rígidos.
Você precisa copiar toda a árvore de diretórios para outro diretório, fazer suas alterações e depois gravar uma nova imagem.