awk com a função sprintf (para adicionar zeros à esquerda):
awk -F, -v OFS=',' '$8=sprintf("MI-%02d",$8);' file
A saída:
36,53,90478,0.58699759849,0.33616,4.83449759849,0.0695335954050315,MI-03
36,53,90478,0.58699759849,0.33616,4.83449759849,0.0695335954050315,MI-08
36,53,90478,0.58699759849,0.33616,4.83449759849,0.0695335954050315,MI-14
36,53,15596,0.58454577855,0.26119,2.24878677855,0.116147072052964,MI-12
-F, - defina vírgula , como separador de campos
$8 - aponta para o oitavo campo
%02d - formato que trata o argumento de função como 2 -digit number
Observação , o último campo em um registro pode ser apresentado por $NF .
NF is a predefined variable whose value is the number of fields in the current record
Então, $NF é o mesmo que $8 (para sua entrada)
awk -F, -v OFS=',' '$(NF)=sprintf("MI-%02d", $(NF))' file