Eu fiz exatamente isso recentemente.
Eu compilei o openssl-1.0.source da fonte em um sistema Linux do Slackware 11.0. Eu queria corrigir o login-por-senha para pausar por 7 segundos em um login com falha, de modo a tarpit aqueles adivinhadores de senha ssh chineses irritantes.
Eu compilei o Apache httpd 2.2.17 no mesmo sistema Slackware 11.0 porque ele veio com o Apache 2.0.alguma coisa, e eu queria usar um 2.2.x httpd.conf de outro sistema.
Pensando nisso, eu também compilei o Alpine 2.0 (cliente de email, follow-on de pinheiros) para o mesmo sistema. Por que o Slackware 11.0? Ele está sendo executado em uma máquina de 2003 com gráficos "Brookdale" da Intel, e qualquer Slackware posterior não suporta os gráficos da Intel, que são mal documentados.
Em uma máquina diferente, eu peguei o suporte a chip sem fio TI ACX111 do github e compilei um novo driver, permitindo que eu usasse uma placa wireless de $ 9.
Eu também recompilo habitualmente os kernels do Linux para torná-los específicos para a máquina em que eles rodam.
Portanto, no meu caso, existem vários motivos de personalização, suporte de hardware e "apenas porque".
Considerando o que sabemos sobre epidemiologia em uma população uniforme (http://www.usenix.org/publications/login/2005-12/openpdfs/geer.pdf), por que nem todos compilam a partir de fontes em seus próprios sistemas? , com quais opções de tempo de compilação eles escolhem? Isso resultaria em uma população muito mais resistente a vírus e vermes.