Nas versões atuais do Debian, você pode obter uma lista de pacotes explicitamente instalados com
apt-mark showmanual
Para aqueles que executam versões antigas do Debian, onde apt-mark showmanual não existe, ou se você quiser realizar seleções adicionais, você pode usar o aptitude.
aptitude search '~i !~M' -F %p >package.list
~i corresponde aos pacotes instalados; !~M omite os pacotes que foram instalados automaticamente como uma dependência de algum outro pacote. -F %p altera o formato de saída para incluir apenas o nome do pacote.
Mais tarde você pode instalar esses pacotes com
apt-get install $(cat package.list)
O Debian squeeze não tem apt-mark showmanual , mas tem apt-mark showauto que lista os pacotes instalados automaticamente. Se você usar isso, poderá listar todos os pacotes no sistema antigo com dpkg --get-selections >package.list , restaurar todos eles e marcar os pacotes automáticos com apt-mark markauto . Para o seu caso de uso (32 bits a 64 bits), essa abordagem provavelmente deixará algumas bibliotecas marcadas como manuais, porque elas têm nomes diferentes em arquiteturas diferentes.
Observe que, se o caso de uso for para reproduzir uma instalação idêntica, em vez de manter o conjunto de pacotes, mas alterar a arquitetura, agora existe uma ferramenta chamada apt-clone (distribuído no Debian desde wheezy) que faz tudo automaticamente.