Você está procurando o comando chpasswd
. Você faria algo assim:
echo 'pi:newpassword' | chpasswd # change user pi password to newpassword
Note que ele precisa ser executado como root, pelo menos com a configuração padrão do PAM. Mas, presumivelmente, executar como root não é um problema para um script de implantação do sistema.
Além disso, você pode fazer vários usuários ao mesmo tempo, alimentando várias linhas de entrada.