Você tem acesso administrativo às máquinas? Pode-se usar um dispositivo de loopback criptografado. Exemplo:
crie um arquivo contêiner para o fs criptografado:
dd if=/dev/urandom of=container bs=1024k count=100
liga o arquivo contêiner ao dispositivo de loopback 0:
losetup container /dev/loop0
cria um dispositivo criptografado (-y pergunta por senha duas vezes; divisão de linha por \
):
cryptsetup -c serpent-xts-essiv:sha256 -b 512 \
-y create container /dev/loop0
crie o sistema de arquivos ext2 no dispositivo criptografado (pode usar qualquer coisa realmente):
mkfs.ext2 /dev/mapper/container
monta o sistema de arquivos criptografado no diretório crypt:
mount /dev/mapper/container crypt
Para referência:
man cryptsetup && man losetup
Além disso, leia as práticas recomendadas de criptografia para obter informações sobre como escolher os comprimentos de cifra e chave a serem usados, etc.