Se você marcar a manpage com "man mkpasswd", verá que esse comando também aceita um parâmetro opcional %código% Se você omiti-lo, ele usará um valor de sal aleatório e, portanto, o valor da senha criptografada também será diferente.
Se você fornecer o sal,
mkpasswd -m sha-512 password -s "11223344"
$6$11223344$YzaRt.fnidpXmKw.Dl20htfOrJ8X2Yx3V.h5zUlhlN2SdczempQmQcDcMYd6mHiXlaMqyGt200zDwuZiC8ZZw1
você sempre obtém o mesmo resultado.
A propósito, você pode ver o valor salt no início da string de saída: é o valor entre -S, --salt=STRING
e 8 a 16 caracteres.