Para que seja integrado na pesquisa, etc, a maneira mais fácil é instalar o alacarte. Você pode instalá-lo a partir do Centro de Software ou com este comando:
sudo apt-get install alacarte
O Alacarte é o antigo editor de menus usado em versões anteriores do Ubuntu. Depois que ele for instalado, ative o alacarte e faça um item de menu no menu do aplicativo apropriado (Programação para este exemplo). Agora ele aparecerá no seu painel e você poderá fixá-lo em seu lançador como qualquer outro programa.