O diretório 4.2.6/functions contém funções fornecidas com o zsh 4.2.6. O diretório site-functions contém funções que são adicionadas por pacotes de terceiros ou pelo administrador local; no Linux, o administrador local usaria normalmente um diretório site-functions sob /usr/local .
Normalmente, esses diretórios estariam na configuração fpath padrão incorporada no executável zsh , é estranho que você precise adicioná-los. Não vejo nenhum código em zsh-newuser-install que adicione essas linhas; parece algo que o administrador do seu site ou você escreveu.
Observe que a variável FPATH string está vinculada à variável fpath array, então você pode escrever
fpath=(/some/extra/directory $fpath)