Se você hibernar janelas (ou propósito ou por economia de energia), use o ubuntu para armazenar arquivos na partição NTFS e, em seguida, inicialize as janelas, o Windows acha que o disco foi corrompido enquanto estava em hibernação e "correções" qualquer coisa diferente. Depois disso, o login no Ubuntu só confirma que os arquivos foram de fato excluídos.
Também vi que o windows 7 pode fazer um chkdsk depois que ele instala atualizações no shudown quando você o traz de volta para o windows faz tarefas extras relacionadas à instalação de atualizações, portanto tenha cuidado para não inicializar no ubuntu após desligar as atualizações. link
Sim, mesmo em uma partição compartilhada, separe-a da partição do Windows e cuide-se mesmo com partições grandes (unidades USB).
Fontes, , link
Editar: Eu estava procurando no site de viúvas para tentar descobrir se eles detalharam o processo de hibernação, mas isso parece interessante link , parece na melhor das hipóteses que o cache de gravação do disco rígido está sendo salvo na memória, em seguida, sendo escrito depois de trazer a unidade de volta, isso pode significar que os arquivos podem ' t ser recuperado, porque não está "apagando" como na remoção da primeira letra do arquivo, então o sistema não o vê, mas sobrescrevendo grandes áreas de dados que foram armazenados em cache. Precisa ser analisado mais.